Olby.Плохо разбираюсь в данной теме(по сути все о чем вы написали в сообщении волнует и меня), но расскажу как у меня дела обстоят.Раньше для прослушивания Flac использовал "FLAC_plugin_with_library_support v 1.1" с сайта винамп.(в настройках в инпут плагинах он определялся как reference flac decoder). Когда установил winamp 2.95 решил попробовать установить с сайта sourceforge flac plugin v 1.2.0(это не последняя версия) есть еще 1.2.1
Вот ссылка
http://sourceforge.net/projects/flac/files/flac-win/
После этого в настройках слово Reference пропало.
По качеству звучания отличий особых не заметил.
Касательно ape(4.06) и wv(2.8a) не помню откуда их скачивал,вроде бы с сайта винамп